Struktur Pemerintahan

1. Sekretariat Daerah 
2. Sekretariat Dewan Perwakilan Rakyat Daerah 
3. Inspektorat 
4. Badan Penanggulangan Bencana Daerah
5. Badan Kepegawaian Pendidikan dan Pelatihan
6. Badan Pengelola Keuangan dan Aset Daerah 
7. Badan Pengelola Pajak dan Retribusi Daerah 
8. Badan Perencanaan Pembangunan Daerah 
9. Badan Kesatuan Bangsa dan Politik 
10. Dinas Pendidikan dan Kebudayaan 
11. Dinas Pangan, Pertanian dan Perikanan 
12. Dinas Ketanakerjaan dan Perindustrian 
13. Dinas Arsip dan Perpustakaan Daerah
14. Dinas Perdagangan, Koperasi, Usaha Kecil dan Menengah 
15. Dinas Kesehatan 
16. Dinas Pemberdayaan Perempuan, Perlindungan Anak, Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana 
17. Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil 
18. Dinas Lingkungan Hidup 
19. Dinas Pekerjaan Umum dan Tata Ruang 
20. Dinas Perumahan, Kawasan Pemukiman dan Pertanahan 
21. Dinas Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu
22. Dinas Pariwisata
23. Dinas Perhubungan 
24. Dinas Sosial dan Pemberdayaan Masyarakat 
25. Dinas Pemuda dan Olahraga
26. Dinas Komunikasi, Informatika, Statistik dan Persandian
27. Satuan Polisi Pamong Praja dan Pemadam Kebakaran
28. Kecamatan Tarakan Tengah 
29. Kecamatan Tarakan Barat 
30. Kecamatan Tarakan Timur 
31. Kecamatan Tarakan Utara